Hum, interesante pregunta.

Personalmente prefiero por Hardware, sin embargo en este sitio veremos cómo usarlos por software.

A ver, diferenciemos:
RAID por software:
El procesador de la máquina es el que se ocupa de hacer todos los cálculos, tomar todas las desiciones y determinar todos los eventos relacionados con el RAID.

En el RAID por software tu verás DOS (o más) discos, y tú personalmente harás un RAID escogiendo partición a partición y uniéndolas en un RAID.

Ventajas:
Es muy barato, puesto que necesitarás solamente los discos (con 2 basta para un raid-1).
Si lo usarás en un servidor con poco IO, entonces es el ideal.

Desventajas:
-Consumirá recursos del procesador del servidor para mantener el raid. Aunque el autor de mdadm clama que no se consume casi, yo puedo dar fe de que he sufrido bastante por un servidor de mucho IO al que se me ocurrió ponerle RAID por software. Cuando me cambié a RAID por hardware (en el mismo servidor) enseguida se notó una mejoría brutal (por decir un numero, quizá una mejoría del 300%)
-Necesitaré particionar y unir las particiones en pedazos de raid (llamados md)
-En caso de que falle un disco, tendré que reparticionar el disco dañado en los pedazos adecuados y volver a unir cada uno de los md.

RAID por hardware

En este tipo de RAID, te venderán una tarjeta de RAID (0, 1, 5 ó 1+0), la cual tu pondrás en la máquina, además pondrás los discos necesarios en la máquina.

Al arrancar la máquina, antes de cargar el bootloader, antes siquiera de instalar el sistema operativo, entrarás a una consola de administración del RAID, armarás el RAID necesario o requerido y solo entonces procederás a instalar el sistema operativo.

El sistema operativo verá UN sólo disco.. que en realidad es la controladora de RAID por hardware haciéndose pasar por un disco.

En este tipo de RAID el sistema operativo no se enterará de que tiene un RAID debajo.. sencillamente leerá y escribirá al disco.

Ventajas:
-El sistema operativo, ni el procesador, gastarán recursos atendiendo al RAID, la tarjeta es la que atiende y hace todas las operaciones a los discos.
-Es sumamente rápido, ya que no gasto recursos del procesador
-Es muy fácil de configurar, metes los discos, y configuras en la consolita de inicio.. después te olvidas de reconfigurar.
-En caso de falla de un disco, saco el disco dañado y pongo el nuevo disco, la tarjeta hace el proceso de réplica

Desventajas
-Cuesta plata.

Yo me quedo con RAID por hardware pues mis servidores son de alto IO... pero tu escoge, no te fuerzo.