Salu2, una forma facil de transformar diversos formatos de video es utilizar el famoso Hyper video convert, muy facil de instalar y muy util a la hora de transformar videos.
Version: 04
Distro Test: Fedora 9
Entorno grafico: KDE
Repos: Livna como siempre
Licencia: GPL

Instalacion

1. Se requieren algunos aditamentos q los podemos instalar asi:

yum install ffmpeg dvdauthor dvd+rw-tools ffmpeg2theora mplayer qt4


2. Pues bajar el soft
Aca

3. Descomprimir el archivo

4. executar ./installer.sh como root

5. copiar el archivo ./.hyperconf en la carpeta $HOME

es todo...

Nota: Puedes transformar a todos estos formatos de videos:
avi
mpg
flv
ogg
mov
3gp
wmv
mp3
rm
mp4
vob
asm
....

Mas info aca: http://www.gtk-apps.org/content/show.php/Hyper+Video+Converter?content=88970