Centos con MySql se puso lento

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Hola amigos: Tengo un servidor con Centos 5 y MySql, los clientes accesan desde una aplicación c# en winxp, todo ha estado marchando bién hasta que de repente, pero solo en algunas consultas se ha vuelto la carga de datos lenta, en los otros procesos y/o consultas todo sigue bien. He pasado los mismos datos (del MySql) del servidor a una PC con winxp y en esta el acceso es normal como cuando estaba en el servidor (por favor no me digan que los deje en el win). (El servidor solo está dedicado a servir datos)
Aprecio mucho la ayuda de quienes puedan darme alguna luz.